Die Fauna der pelagischen Inseln zeigt einige besondere Charakteristiken auf die an diesen Ort angepasst sind. Die Inseln beherbergen Zugvögel wie Eleonoranfalken, Silbemöwen, Feldsperlinge und vor kurzem wurden auch Störche, Reiher und Trompeter beobachtet. Allerdings bleibt die Besonderheit der pelagischen Inseln die Schildkröte "Caretta Caretta" und ein Vogel der der Möwe sehr änlich ist. Auf Linosa findet man die größte Kolonie dieser Vögel. Es wurde berechnet dass sich zur Brutzeit circa 20.000 Exemplare hier aufhalten. Die Besonderheiten dieses Vogels, dessen Flügelspannweite mehr als einen Meter erreicht, ist, dass die Vogelpärchen zusammenbleiben, sich immer das selbe Nest in den schwer zugänglichen Felsküsten suchen und das Weibchen immer nur ein Ei ablegt. Das Männchen verbringt den Tag über dem Meer wo es kleine Fische sammelt um gegen Abend dann mit kleinen Pausen wieder Richtung Nest zu fliegen, welches es gegen Sonnenuntergang erreicht. Besonders ist auch der Ruf dieser Vögel, der dem Schrei eines Neugeborenen ähnelt und den sie die ganze Nacht über praktizieren, es sei denn es ist Vollmond. Manche Nächte erklingt nahezu ein Konzert dieser 20.000 Stimmen. Der weitere dominierende besondere Bewohner von Lampedusa und Linosa ist die Schildkröte Caretta Carette. Dieses Lebewesen verbringt sein Leben im offenen Meer und ausschließlich in den Monaten von Mai bis September geht das Weibchen an Land um hier seine Eier abzulegen. Dies geschieht in der Nacht und das Weibchen gräbt ein Loch was circa 30 bis 50 cm tief ist. Hier legt es 70 bis 120 Eier ab und bedeckt diese dabei mit Sand, immer darauf bedacht auch seine eigenen Spuren im Sand zu verdecken. Nach circa 60 Tagen schlüpfen dann, während der Nacht, die kleinen Schildkröten. Sie können sich leicht durch den Sand ausgraben und laufen direkt Richtung Meer. Auf Linosa legen die Schildkröten ihre Eier am schwarzen Strand von Pozzolana di Ponente ab, auf Lampedusa am Strand der Kaninchen. Auf beiden Inseln wurden Auffangstationen eingerichtet, die verletzte Schildkröten aufnehmen. Nach der Behandlung der Schildkröten werden diese dann wieder in die Freiheit entlassen. Das unberührte Meer der pelagischen Inseln hat eine reiche Fauna. Wer die Möglichkeit hat hier einen Tauchausflug zu machen erlebt die bunten Fische, die ohne Angst neben dem Taucher umherschwimmen. Es gibt große Arten wie Zackenbarsche, Gelbschwanzmakrelen, Güster, Hummer, Rotbarsche, Schnapper, Meeräsche, Papageienfische (durch den Suezkanal nach Lampedusa gekommen), Thunfische und Schwertfische die alle zusammen zwischen den Dünen und Grotten des Meeresbodens leben und einen bunten Teppich bilden. Ein unbezahlbares Schauspiel.