La fauna terrestre de las Pelagias muestra algunas especies de animales especialmente característicos y asignados principalmente en esa zona. Aunque no falta la presencia de aves migratorias como Halcón de Eleonor, arenques gaviotas, el gorrión de árbol,en Linosa recientemente también hubo la presencia de bandadas de cigüeñas, garzas y trompetas. Sin embargo, una de las peculiaridades de las Pelagias es ser el punto de referencia de las tortugas "Caretta caretta" y de la Berta Maggiore, un ave parecida a la gaviota. De esta ave Linosa tiene la colonia más grande de Sicilia y se ha calculado que durante la crianza llegan a la isla más de 20.000 ejemplares.

Algunos de los hábitos de esta ave, cuya envergadura supera el metro es formar una relación estable, que casi siempre anidan en el mismo lugar en las partes más inaccesibles y rocosas de la parte norte de la isla y que la hembra pone un solo huevo.La Berta se pasa todo el día en el mar para atrapar peces pequeños y al atardecer comienza el acercamiento a la tierra haciendo paradas cortas intercaladas hasta la llegada al nido, por lo general a finales de la puesta del sol. Encantador es el canto de los pájaros, como el llanto de un bebé, que realizan cada noche, excepto cuando la luna está llena. Algunas noches en Linosa veinte mil "cantantes" se exiben en un concierto emocionante inusual y único. Otra presencia constante tanto en Linosa como en Lampedusa es la tortuga Caretta caretta. Este reptil pasa su vida en el mar y sólo entre los meses de mayo y septiembre, las hembras regresan a la tierra para poner sus huevos. Lo hacen en la noche, excavan hoyos profundos de 30 a 50 cm. y van a depositar 70 a 120 pequeños huevos que luego cubren con arena, asegurándose de limpiar sus huellas.

Alrededor de 60 días después de la eclosión producida principalmente por la noche y los pequeños con gran dificultad salen de la arena y se dirigien hacia el mar. En Linosa las tortugas  ponen sus huevos en la playa negra de pozzolana de Poniente, mientras que en Lampedusa en la playa de los conejos. En ambas islas se han creado centros de rehabilitación donde se llevan las tortugas heridas para curarlas. Posteriormente, después éstas son liberadas. El mar prístino de las Pelagias alberga una rica vida marina ofreciendo al que se sumerge la oportunidad de asistir a un espectáculo impresionante compuesto de peces de colores que nadan sin miedo junto a los submarinístas. Desde grandes meros, pez limón, sargo, langostas, la gallineta nórdica, pargos, salmonetes, peces loro (llegado a Lampedusa desde la apertura del canal de Suez) y más lejos, pez espada y atún. Todos ellos están presentes en el fondo del mar, donde cuevas y barrancos, crean, junto con una colorida flora marina que decora las profundidades, una Mediterráneo único.